萬歷皇帝見群臣震懾，這才言歸正傳，說道:“瘋癲徒張差闖東宮，打傷，今張差已畏罪而斃，隻把龐保、劉和薊州刁民李自強、李萬倉拿問，其余不許波及。”轉頭對皇太子朱常說:“你有何話，且與諸臣悉言，不要瞞。”

朱常知道父皇是要他對梃擊案表態，說道:“似此瘋癲之人，決了便罷，不必株連。”又覺得這話還不夠分量，怕父皇不滿意，接著道:“我父子何等親，外廷有許多議論，寧陷我為不孝之子嗎。”

萬歷皇帝微不可察地點了一下頭，接口問群臣道:“你們都聽到皇太子方才所言否?”以目示意方從哲——

方從哲趕回話道:“聖諭已明，人心已定，皇上毋以此介懷。”

萬歷皇帝這才天開霽，臉笑意，讓近侍轉告把守慈寧宮門的宮衛和太監，讓遲到的員放行無阻，又有數十名科道起來，跪在後面覲見天，萬歷皇帝又當眾表演了一番父子親，以破除宮外種種易儲的謠傳，最後讓皇太子攙著他站起來，父子二人並排而立，萬歷皇帝問群臣:“爾等俱見否?”

百都拜伏稱頌，萬歷皇帝又道:“皇太子再次出閣講學之事，閣會同司禮監與禮部、翰林院、詹士府商議，擇日舉行。”

眾甚喜，山呼萬歲。

司禮監掌印太監李恩示意眾告退，獨把方從哲召到前，萬歷皇帝吩咐道:“速作諭來，無誤批發。”這是要急著了結梃擊案。

方從哲回到閣，吳道南已被送回寓所休養，閣又只有他一個人，好在皇帝已給梃擊案定，擬旨不難，當即遵照皇帝方才所言草擬了一份理梃擊案的諭帖，那司禮監的太監就等在閣堂前呢，急將諭帖送至乾清宮弘德殿，萬歷皇帝略改數字，便蓋印發出，同時又下一道諭旨:“史劉複在慈慶宮前高聲狂吠，離間朕父子，著錦衛拿送刑部，從重擬罪奏。”

那劉複真不知是禍從何起，當時萬歷皇帝邊的其他人也都未留意魏進忠以一個“願”字讓劉複大禍臨頭，其他員雖有疑，但這種事已經沒法再去追問、查證，魏進忠這一手可謂妙到毫巔、殺人不見，只有張原猜測可能是那傳話的魏進忠從中添油加醋說了些什麼，不然皇帝怎麼會突然那麼震怒，因為只有張原知道魏進忠何等的險狠毒，後人曾以“形質偉，言詞佞利”來評價從小混混到九千歲的魏忠賢，“言詞佞利”就是說魏進忠善於花言巧語並且很犀利，張原對這位未來的九千歲保持著警惕，必要時候要果斷幫助鍾本華——

六月初七，刑部擬以對劉複杖刑、革職，萬歷皇帝還認為判得太輕，要對劉複於死刑，這有點殺駭猴的意思在裡面，要外臣不敢再對梃擊案說三道四，方從哲與其他科道上書營救，乃改為由刑部、都察院重審。

六月初九，三法司與司禮監在文華門前審問龐保、劉，現在張差已死，龐、劉二人當然矢口否認曾指使張差闖宮，隻說是張差瘋口扳誣，他們無罪——

薊州的李自強、李萬倉也已解到京城，這二人在刑部審，也不承認龐、劉二人指使，引薦張差闖宮，用刑之下承認平日對張差多有欺，燒毀了張差的柴草並毆打張差，同時在刑訊之下，二李又招供出在薊州黃花山不欺男霸的惡事，龐保、劉這兩位對二李多有包庇——

都察院堂張問達是親東林的，上疏申辯說，張差已死，龐、劉容易抵賴，而文華門又是尊嚴之地，不便用刑，難以審得實，希皇帝同意把龐、劉二人移到刑部審問。

萬歷皇帝不同意將龐、劉二人移到宮外審，又授意皇太子朱常傳話給三法司堂，說不可輕信仇口，株連無辜，但刑部在審問二李時就獲知龐、劉二人在薊州借口為鄭貴妃修鐵瓦殿就幹了不斂財擾民的惡行，一意要求將龐、劉二人發到宮外審訊，這樣僵持了數日，六月十三從宮中傳出消息，龐、劉二囚因為天氣炎熱、刑不過，已經死亡，隨即萬歷皇帝傳旨明確了這一消息——

這下子梃擊案沒法再審了，京中有傳言龐、劉二人未死，是鄭貴妃包庇的，已送往某，但很多人還是相信龐、劉二人已死，因為這二人本非什麼重要人，鄭貴妃沒必要冒風險包庇這兩個下人，還是決了乾淨，也算是給太子一個待。

六月十五日，方從哲、吳道南兩位閣老讓人傳話三法司堂，要以太子出閣講學為重，盡快了結梃擊案，於是就在次日，刑部將理意見上呈皇帝，還是以張差“實系瘋癲，誤宮闈”定罪，李自強、李萬倉因為凌鄉民、為非作歹被判流放——

六月十八日，萬歷皇帝批複了刑部關於梃擊案的奏章， 同意刑部的理意見，同時將史劉廷元貶為鄧州判、刑部郎中胡士相貶為鄧州知州、刑部主事鄒紹貶為靈璧縣知縣、刑部主事王之寀貶為全椒縣知縣、工科給事中何士晉出為浙江僉事、在慈慶宮狂吠的史劉複削職為民——

浙黨三人、東林黨二人被貶出京，看似雙方各打五十大板，但劉廷元是浙黨首領，在姚宗文聲譽損的況下，劉廷元又被貶，浙黨損失遠大於東林，本次梃擊案可以說以東宮和東林獲勝告終。

六月二十五日，王之寀離京赴南直隸滁州全椒縣任職，東宮太監王安悄然相送，王安對王之寀被貶到很歉疚，王之寀笑道:“但得東宮安穩，王某縱死亦不足惜，貶為縣已是皇恩浩。”

王安低聲道:“心一兄放心，早晚有回京重用之日。”王之寀，字心一。

王之寀正道:“下並非為他日的榮華富貴計。”

王安忙道:“是，是，心一兄忠義，王安敬服。”

王之寀微微一笑，低聲音道:“梃擊案總算了結了，王公公此計絕妙啊，下真正敬服的是王公公。”

王安道:“雜家也是有高人指點。”

王之寀一驚，忙問:“何人?”

王安道:“也是一名，暫不泄其姓名，此人對東宮忠心耿耿。”

王之寀歎道:“天下才智傑出、智謀深沉之輩多有，就看其才智是用在為善還是為惡上。”說罷，向王安一揖:“拜別公公。”解纜揚帆南去。